En el Segundo Conteo de Aves Acuáticas llevado al cabo en la Reserva de la Biosfera de Ría Lagartos se registró un total de 5 mil 352 individuos de 66 especies.
Dentro de la reserva existen 333 especies de aves (177 residentes, 142 migratorias y 14 son residentes-migratorias), destacando el flamenco rosa (Phoenicopterus ruber), que tiene un sitio de anidación preponderante en la cuenca de El Cuyo, lo que originó la protección legal de Ría Lagartos en 1979.
Las familias Phalacrocoracidae (cormoranes), Ardeidae (garzas), Ciconiidae (cigüeñas), Rallidae (gallinitas de agua) y Alcedinidae (martín pescador) también son representativas, debido a que habitan dentro del sistema de humedales costeros del área natural protegida.
Por otra parte, el gallito de mar (Sterna maxima), la gaviota de playa (Larus atricilla) y la golondrina de mar (Sterna sandvicensis), tienen en conjunto una población estimada de 10 mil ejemplares que son anidantes activas en la reserva.
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Por otra parte, el pelícano café (Pelecanus occidentalis), el cormorán (Phalacrocorax auritus), la tijereta (Fregata magnificens), la garza tigre (Tigrisoma mexicanum), la garza garrapatera (Bubulcus ibis), la grullita (Aramus guarauna), el martín pescador (Chloroceryle y Ceryle) y el ibis blanco (Eudocimus albus) utilizan al estero como área de alimentación.
Otras aves que destacan son la garza cuchara (Cochlearius cochlearius), la garza blanca (Casmerodius albus), la garcita blanca (Egretta thula), la paloma de alas blancas (Zenaida asiatica), el tucán (Pteroglossus torquatus), el xtakay (Tyrannus melancholicus) y el yah (Tyrannus tyrannus).
Se estima que entre los meses de noviembre y febrero llegan a la zona Norte de la Península de Yucatán más de 300 mil aves acuáticas migratorias.
Emplean como refugios invernales las Reservas de Ría Lagartos y Celestún, así como las reservas estatales de Dzilam de Bravo y de El Palmar.
Las poblaciones corresponden básicamente a la familia de los chorlos (Charadriidae) y de los patos (Anatidae), representadas por especies como la cerceta canela (Anas cyanoptera), cerceta de alas azules (Anas discors), cerceta de alas verdes (Anas crecca carolinensis), el pato golondrino (Anas acuta), el pato pinto (Anas strepera), el pato boludo chico (Aythya affinis), el pato bocón (Anas clypeata) y el pato chalcuán (Aythya americana).
Asimismo, la población de gallaretas (Fulica americana) es notoria, y se calculan 100 mil ejemplares en la península durante los meses invernales. La ornitofauna residente está representada de manera abundante por la chachalaca (Ortalis vetula), y varias especies de palomas de los géneros Columba y Zenaida.
El Segundo Conteo de Aves Acuáticas en la Reserva de la Biosfera de Ría Lagartos tuvo como marco la Semana Nacional por la Conservación, y se realizó aquí, pues se le reconoce como un área de importancia para la conservación de las aves, y área de prioridad para las aves acuáticas de América.
Eso es debido a que provee humedales fundamentales como hábitat invernal para una gran población de aves acuáticas migratorias. De hecho, los humedales de Ría Lagartos son de importancia internacional, y fue el primer sistema de humedales mexicano inscrito en la lista internacional Ramsar.
Los resultados dados a conocer se reportaron directamente a las autoridades ambientales mexicanas, y se programa un nuevo conteo para el próximo año, agradeciéndose la participación de todas las personas que colaboraron en este importante conteo.