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Aunque Mérida es reconocida por su seguridad en comparación con otras ciudades de México, existen colonias donde los residentes perciben una mayor incidencia de disturbios como violencia familiar, riñas y robos con violencia.
Un estudio realizado en 2021 por el Centro Estatal para la Prevención del Delito identificó 80 colonias y fraccionamientos en Mérida como focos rojos por su incidencia delictiva.

De ellas, en su mayoría fueron en la zona Sur de Mérida, por lo que enciende los focos rojos de los futuros residentes de la ciudad, al no elegir estas colonias.
Entre ellas, colonias como Cinco Colonias, Zazil-Ha, San José Tecoh, San Antonio Xluch y Emiliano Zapata Sur destacan por problemas relacionados con diversos delitos.

Es importante destacar que, a pesar de estas áreas con mayores desafíos, Mérida mantiene una reputación de ser una de las ciudades más seguras del país.
Las autoridades locales continúan implementando medidas para mejorar la seguridad y el bienestar de todos los habitantes.